高等学历继续教育以业余本科学习为主要办学形式。依托复旦大学的学科、专业、师资与课程资源优势，开设经管、文史、法学、理工、医学等五大类16个专业。目前在校学生5千余名，累计培养各层次毕业生约6万余名。学历继续教育的对象主要是业余类型的夜大学学生，招收专科起点本科（专升本）层次的本科生。从2016年起停止招收高中起点专科（高起专）层次的新生，从2023年开始停止招收高中起点本科（高起本）层次的新生。

高等教育自学考试历史上共承担上海市11个自考专业的主考和管理工作。至今已有161万人次报名参加自学考试，累计报考科次约440万门，通过自学考试的毕业学生约5.9万名。

目前，11个主考专业中，已有10个专业已停考,正常开考1个专业，即护理学专升本专业。